În perioada 1888 – 1893, Alexandru D. Xenopol a tipărit la Iași opera sa fundamentală, Istoria Românilor din Dacia Traiană, având șase volume și totalizând aproape 4000 de pagini. Este prima prezentare sistematizată, analitică și complexă a istoriei românilor, din toate provinciile tradiționale, începând tratarea problematicii din cele mai vechi timpuri până la unirea din anul 1859. În scopul finalizării acestei sinteze, autorul a realizat cercetări îndelungate în arhive și biblioteci din țară ori din străinătate, publicând anticipat diverse studii referitoare mai ales la izvoarele și instituțiile istorice românești.
În elaborările sale surprinde structurile societății românești, dinamica evenimentelor, cauzalitatea și finalitatea acestora. De asemenea, prezintă aspecte fundamentale proprii vieții sociale, economice, politice, administrative, culturale și religioase, definitorii pentru români, urmărește evoluția activității umane, producțiile și bogățiile acestui spațiu geo-istoric, reliefează categoriile sociale, starea și evoluția țăranilor, meșteșugarilor, breslașilor, târgoveților, orășenilor sau a marilor proprietari funciari.
Un loc important se acordă structurilor instituționale, proprii statelor românești, cum au fost cele integrate activităților juridice, financiare, școlare, cutumiare, militare, intelectuale, și se fac referiri la știință, biserică, la politica internă și externă.
Abordând importanța teoriei în istorie, considerată ca una din principalele caracteristici ale acesteia, Alexandru D. Xenopol a insistat asupra perioadei când a apărut ideea unității naționale în conștiința poporului român. Pornind de la asemenea filozofie, prezintă, în esență, factorii favorabili ce au călăuzit unitatea genezei românești, traversând vremurile și ajungând la oportunitatea unității politice în timpul vieții sale.
Academia Română îi recunoaşte meritele ştiinţifice pe data de 11 martie 1896, atunci când îl alege membru activ al său.